生物毒性檢測就是使用活體生物來檢測水質樣品中污染物質的毒性對生物體影響程度。而生物毒性又分為急毒性和慢毒性兩種，急毒性試驗主要對生物生存影響的評估，通常以死亡作為最後評估依據，而慢毒性試驗主要為長期觀察該污染物毒性對生物生理的影響，評估的內容為生長、生殖等是否受到抑制。
環保署自民國82年起開始進行適合國內之生物毒性檢測標準方法之開發，經多年之努力，前後共完成鯉魚、羅漢魚、溪哥、米蝦、水蚤、藻類等不同生物毒性測試方法，主要是因為生態中生物彼此間環環相扣，缺一不可，而單一生物並非對於所有毒性物質均敏感，所以需要用不同種類生物進行測試，而毒性檢測時應盡量涵蓋二種以上不同營養層生物，例如魚與米蝦或魚與水蚤。
由於生物毒性檢測成本不低，事業單位若能基於企業環保責任，在追求經濟成長之餘，自發性地監測放流水之生物毒性，更能塑造維護環境品質之優質企業形象，使臺灣邁向更健康永續的生態家園。
