受極端氣候影響，為更積極、系統化進行水環境水質管理，環保署推動流域整合管理，以「水質清淨程度」、「流域生態環境」、「水岸環境活化」、「政府行政管理」及「民間投入參與」等5大主軸，以流域角度切入，整合水、土、林等自然資源保護，兼顧污染防治及自然資源保育，維持生態平衡之目標，考評全國重要河川流域水質管理績效。在海洋污染防治的部分則強化考核海洋污染應變及演練，藉由各機關戮力合作，有效迅速處理海洋污染緊急事件，並抑止非法海洋污染排放行為，營造我國海域永續生命力。
在這樣的理念下， 考評特優直轄市、縣市的表現包括：新北市以「大台北黃金雙子城」發展決策委員會， 涵蓋跨府局處及專家學者參與淡水河曼哈頓計畫運作， 企圖打造一個國際河岸都市， 連續4年污水下水道用戶接管數全國第一， 完成4處截流站削減排入大漢溪之污染量及全國最多16處現地處理設施， 並以人工濕地生態廊道營造出乾淨、親水、生態的淡水河。宜蘭縣在水質良好之先天條件下， 仍處處展現行政能力與維護水質環境之決心， 針對生物多樣性復育、結合地景營造獨特親水空間及環境教育功能之宣揚， 均展現流域整合管理成效。臺北市持續提升污水下水道用戶接管率， 100年接管戶數為3萬1,240戶， 已達每年提升3萬戶之目標， 下水道普及率為全國之冠， 並闢建多處礫間現地處理發揮保護河川及環境教育功能。花蓮縣天然條件佳， 結合河川特性及地貌現況成功執行淨水、親水行動方案。新竹市充分掌握轄內河川污染特性， 強化污染熱區管制， 積極落實志工河川巡守。屏東縣結合流域水質管理及城鄉發展， 河岸整理綠化舒適、河面無垃圾、沿岸蝴蝶飛舞、水質清澈， 成功更新萬年溪沿岸住宅及公共社區風貌， 成果豐碩。
環保署指出，在各直轄市、縣(市)的努力下，各地方政府跨處室整合流域水質管理作業均已啟動，全國河川嚴重污染河段由90年386.2公里改善減少至去(100)年156.3公里，水質清淨之未(稍)受污染河段自90年1808.9公里增加至去(100)年1869.6公里，水環境品質明顯改善。針對海洋污染應變，去(100)年全國共辦理9場實兵演練及2場教育訓練，海洋油污染應變演練確實，通報系統日趨完善，對於各機關間處理海洋污染事件的協調與合作有極大效益與經驗傳承。
環保署表示，將與地方政府繼續合作，持續推動整合式流域管理，為成就河川清水、親水、打造水環境永續根基而努力。
