環保署表示，各種營建工程涉及空氣污染防制法、水污染防治法、廢棄物清理法及環境影響評估法等相關環境保護法律，本次派員係查核是否已造成環境污染，避免污染範圍持續擴大。本案在當地民眾熱心關懷環境事務、媒體忠實報導及澎湖縣政府處理等共同努力下，讓這起環境破壞案件能迅速遏止，不使環境持續惡化。
由於本案係申請一般觀光旅館， 面積約為2.6公頃， 依據發展觀光條例之規定， 由交通部觀光局核發籌設許可， 本案於92年取得觀光局核發之籌設許可， 98年變更籌設許可， 依據當時環保署所訂之「開發行為應實施環境影響評估細目及範圍認定標準」， 本案無須辦理環境影響評估， 但99年3月環保署修正相關法規， 規定位於國家風景區開發面積超過1公頃之旅館開發必須辦理環境影響評估。依據觀光局籌設許可文件顯示， 本開發案必須在取得籌設許可後2年內向當地主管機關申請建造執照並依法興建， 但有正當事由者， 必須報觀光局予以展期， 因此環保署將進一步查明觀光局所核發之籌設許可目前是否有效， 或是99年之後有無重新核發許可， 如果是這種情況， 本案就必須先行辦理環境影響評估。
