為因應近期爆發禽流感事件，環保署已啟動禽流感防範應變機制，並責請地方環保局加強稽查養禽場任意棄置動物屍體行為、巡查化製場運作情形，及配合現場指揮官調度提供處理設施支援銷毀作業，全力協助農政機關防治動物傳染病。
環保署表示， 為維護環境衛生及協助防治動物傳染病， 環保署已訂有「因應流感大流行環保機關防疫作業程序」、「因應流感大流行環保機關環境消毒作業程序」、「因應流感大流行督導廢棄物清除處理作業程序」等相關作業程序， 已請地方環保機關加強辦理。本次禽流感事件爆發後， 環保署環境督察總隊已結合地方環保局， 加強巡查化製場運作、養禽場周邊環境、可能棄置地點、撲殺禽鳥屍體之清運路線， 以防範可能衍生的環境問題。另為掌握疫情， 已要求環保稽查人員於現場巡查如有發現大量禽鳥死亡之棄置情形， 應立即通報， 及通知地方動物防疫機關前往確認， 並協助後續動物屍體銷毀、環境消毒作業。
環保署呼籲，養禽業者如有發生家禽異常死亡情形，應立即向動物防疫機關通報，切勿將死禽棄置於河川或野外。環保單位將持續加強稽查養禽場周邊環境暨巡查可能棄置地點，並關注疫情發展，盤點各項應變資源，預為因應。
