依行政院成立禽流感緊急應變工作小組分工，環保署為疫情控制組成員，負責協助動物屍體焚化，死廢禽棄置巡察阻絕。
為因應最近國內發生禽流感疫情，環保署與各地環保局通力合作加強巡察與管制工作，發動河川巡守隊及利用無人飛行載具（UAV）執行空中監控，加強禽畜場周遭環境巡察及注意是否有任意棄置斃死禽情形，另外，進行化製場查核，避免造成環境污染。截至昨(22)日累計共動員505人次、158車（組）次、督察878場次。期望透過環保單位與農政單位攜手，能遏止疫情蔓延。
為加強阻絕棄置禽類屍體案件，環保署昨日選擇雲林縣台西鄉、四湖鄉及彰化縣大城鄉等養殖密度高且易被棄置地點，首度利用利用無人飛行載具（UAV），執行空中監控作業，利用空照優勢可利用發現潛藏之可能棄置案件，共空拍4處棄置點，均立即與地方環保局聯繫，請其派員前往處理，並已完成清理。
對撲殺禽體之妥善處理，目前斃死禽畜先送至化製場處理為優先，最大日處理量為1,243公噸/日，當化製廠量能不足時，由地方環保機關轄內都市焚化廠及公有掩埋場協助支援處理；若處理量能仍不足時，則由地方環保機關透過區域聯防或由環保署協助跨區合作事宜。由焚化廠協助處理禽流感動物屍體部分，截至21日止，彰化縣溪州垃圾焚化廠、嘉義市垃圾焚化廠、嘉義縣鹿草垃圾焚化廠、臺南市城西垃圾焚化廠、臺南市永康垃圾資源回收(焚化)廠及屏東縣崁頂垃圾資源回收(焚化)廠等6個焚化廠累計已協助處理630.43公噸。
環保署也要求各縣市環保機關督促清潔隊執行收運垃圾勤務或相關防疫工作時，若有發現禽（鳥）類屍體，勿直接碰觸禽（鳥）類屍體，應穿戴相關防護措施（如手套、口罩或護目鏡等），再以適當容器將其包裹密封。如發現相關疑似斃死禽（鳥）類時，應一併知會農政及相關機關依法查處，落實橫向聯繫及防疫工作。
本署魏署長於1月16日上午至雲林縣巡視時， 雲林縣環保局長提出協助防疫防護衣需求， 本署立即協助緊急調度100套C級防護衣， 並於當天中午12時24分送達。另1月17日本署出席農委會動物疫災緊急應變工作小組會議時， 提出請農政機關協助提供環保機關防疫物資， 農委會決議有關防疫人力及物資需求， 統一由地方動物防疫機關向農委會提出需求。依據行政院農業委員會動植物放疫檢疫局發佈新聞資料， 以雲林縣為例， 自1月12日至22日已陸續調度及撥付提供防護衣1,8190件、N95口罩17,040個、檢診手套10,000雙， 護目鏡588個、消毒水1,869桶及屍袋10,600個。
環保署呼籲禽畜場業者應依照動物傳染病防治條例辦理，勿違法棄置禽類屍體外，也呼籲民眾，若發現違法棄置禽畜情況，請立即聯繫所在地防疫單位進行處置，或通報環保陳情專線：0800-066666，環保單位將儘速派員處理。
