水質淨化工法包括礫間接觸、人工濕地及截流設施等。其中礫間接觸式工法已應用於臺北市、新北市、桃園縣、高雄市，對於像阿公店溪等污染河段水質改善，成效斐然。
環保署鑑於公共污水下水道系統建設短期難以全面普及，部分河段受生活污水影響水質有待提升，自91年起推動仿效自然工法淨化設施改善河川水質，截至103年9月全國水質淨化現地處理設施共完成設置114處。
以高雄市為例， 阿公店溪為高雄地區內重要河川之一， 主要流經高雄市岡山區， 隨著高雄市人口與工商業蓬勃的發展， 大量的生活污水及事業廢水， 影響阿公店溪水質。鑑於其它流域設置水質淨化現地處理設施之經驗及成效， 環保署於101年補助高雄市政府辦理「岡山河堤公園礫間淨化工程」， 工程內容主要以削減岡山區生活污水為目標， 截流岡山區聖森橋至仁壽橋間10處排水至河堤公園地下礫間淨化場處理， 每日可處理污水8,000公噸， 處理後的水再排入阿公店溪。原為嚴重污染河段已改善為中度污染， 且開始有魚類的群聚。另高雄市政府輔以沿岸進行景觀工程， 鋪設人行步道和護欄， 種植黃花風鈴木、九重葛及馬櫻丹等點綴河岸， 讓阿公店溪河岸煥然一新， 並提供當地居民及遊客休閒的場所。
環保署表示，河川污染整治是一個漫長的過程，河川的守護需要民眾共同配合參與，而運用河川高灘地建置現地處理設施不僅可淨化水質且發揮生態效益。希望透過這個案例說明，讓民眾了解河川整治前後水環境的改善情形，並進一步促進民眾參與河川的守護。
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