環保機關依據衛生福利部「登革熱/屈公病防治工作指引」， 以「清除孳生源為主， 緊急噴藥為輔」防治原則， 協助衛生機關辦理病媒蚊孳生源清除及噴藥工作。統計103年1月至10月地方環保局孳生源清除動員106萬餘人次， 清除容器389萬餘個， 廢輪胎6萬9千餘個， 清理空地3萬9千餘處， 告發985件， 裁處694件， 裁罰金額為106萬2000元。環保署並推動全國登革熱孳生源複式動員檢查， 透過村里長及志義工的宣傳及巡檢， 自4月至6月進行村里互檢及地方環保局複查， 並自7月至12月持續請各地方環保局加強辦理複式動員檢查及清除， 協助民眾清理居家戶外積水容器。環保署並自6月起持續派員協助至高雄市、屏東縣及臺南市等病例集中地區辦理戶外孳生源不預警抽查， 至10月底已辦理103處次不預警抽查， 常見的戶外孳生源包括廢輪胎、帆布、水桶、花盆容器等， 均已通報環保局清潔隊完成改善。針對高雄市病例集中地區， 環保署自11月至12月每週指派各單位主管會同高雄市政府環保局， 至登革熱病例集中地區巡查， 督導落實戶外孳生源清除。經費協助方面， 環保署本年度補助高雄市政府環保局登革熱防治經費新臺幣1千萬元， 另臺南市及屏東縣各360萬元， 協助辦理戶外孳生源清除及緊急防治噴藥等防治工作。
環保署將持續督導地方環保機關加強輔導及勤查，對於戶外未落實清除孳生源者，環保局將依「廢棄物清理法」相關規定予以查處。對於戶外難以清理的登革熱病媒蚊孳生源，民眾可撥打環保報案電話專線0800-066-666向所在地環保局通報或檢舉，方便上網的民眾則可透過環保署建立的「清淨家園顧厝邊綠色生活網(EcoLife)」（http://ecolife.epa.gov.tw/，簡稱綠網）通報登革熱孳生源，或於綠網下載「髒亂剋星APP」以手機方式通報，政府將派員儘速處理。
環保署強調， 登革熱病媒蚊在積水處產卵， 約1週後就能羽化成蚊為登革熱病毒傳播媒介。為避免病媒蚊孳生， 請民眾務必每週至少執行一次家戶內外孳生源檢查， 主動清除積水器物， 澈底做到「巡、倒、清、刷」：仔細「巡視」家戶內外積水容器， 將積水「倒掉」， 不要的器物予以分類「清除」， 減少容器， 留下的器物也要「刷洗」去除斑蚊蟲卵， 妥善收拾或予以倒置。另外也請民眾加強個人保護措施， 避免被蚊蟲叮咬， 如有發燒、頭痛、關節痛、肌肉痛等典型登革熱症狀， 請儘速就醫。持續做好自我健康管理， 避免被病媒蚊叮咬， 澈底清除孳生源， 才能有效控制登革熱疫情。
