二仁溪及鹽水溪分別流經臺南市永康區、仁德區及新市區等人口密集區域， 沿岸生活污水及事業廢水排入， 造成河川污染程度嚴重。本署將二仁溪及鹽水溪列為重點整治河川， 補助臺南市政府設置4座水質淨化場， 總經費達新臺幣4億6千餘萬元， 本署補助近3億2千餘萬元。工程完工後， 預估每日共可削減生化需氧量1,064公斤、懸浮固體公斤及氨氮867公斤， 對臺南市河川水質有相當大的助益。其中「萬代橋生態礫間淨化工程」及「永康大排水岸生態礫間淨化工程」另規劃設置礫間處理槽地下觀察廊道， 可使民眾就近觀察水質淨化過程， 發揮環境教育功能。「永康大排水岸生態礫間淨化工程」亦設有人工濕地， 營造優良水域環境及豐富水域生態。
環保署表示，近年來全力支持臺南市政府投入河川整治工作，在污水下水道系統建設完成前，先透過水質淨化現地處理設施之設置，降低河川污染情形。除了推動污水下水道系統建設外，同時也請臺南市政府持續加強河川流域內事業及畜牧業稽查管制工作，並結合在地民眾巡守參與及環境教育。在多元整治策略同時執行下，方能確保整治成效，營造永續優質的水域生活環境。
