首先，5項應計入VOCs的排放源為何未在專案小組會議中未討論，是因為專案小組只是針對六輕的HSBC廠新投資案增加VOCs的環境影響，如何減輕做討論，且獲得開發單位承諾，將六輕的舊廠減少比新廠排放增量更多的VOCs排放。此項承諾，毋需涉及確認六輕全部舊廠合計排放的VOCs總量，且足以獲得專案小組支持及後續環評大會通過新投資案的環評審查。
其次，未在專案小組討論，卻出現在環評大會審查結論的原因，是因為環評審查的最後決定權是在環評大會，專案小組是協助大會先澄清事實及事理，專案小組未討論或未建議的事項，大會仍有討論及處理的責任。本案提大會討論前，在野黨在立法院提出六輕全廠VOCs排放已大幅超過其總量限值的資料，要求在澄清前不應通過新開發案。
針對此項質疑， 環保署會同雲林縣環保局邀集學者專家及台塑， 召開三次會議， 確認六輕所有工廠在民國100年排放的VOCs排放量包括前述應計入的5項排放源後， 尚未超過其總量限值， 並在環評大會中說明查核結果， 用提案書面資料及宣讀， 建議於審查結論中敘明該5項VOCs計入六輕全廠排放總量。雖然， 後來大會通過六輕的新投資環評案， 與六輕VOCs排放總量是否超過其總量限值並無關連， 環評委員對於敘明總量應計入該5項的審查結論以提醒台塑並無異議。台塑要求刪除此結論的申覆案， 經環評大會長達六小時討論表決， 仍然決定維持原審查結論。以上， 說明了台塑已經充分參與本案的討論， 並無程序上的問題。
其三，在環評審查過程，對於VOCs排放量很大的工業區，例如石化工業區才會在環評限制其VOCs排放總量，其餘工業區由於排放量不大，雖然未訂定工業區整體排放總量，但個別固定汙染源的排放量仍必須符合VOCs的排放標準，並非可以無限制排放，毫無管制，為免外界誤解予以澄清。
其四、關於回歸環境空氣品質標準， 確係本案的關鍵論述所在。環評委員會依據環評法的授權， 決定是否決一個開發案， 或附加何種條件後不予否決仍足以預防其不良的環境影響。環評委員會依具合理論述作成的審查結論經公告後， 即有必須遵行的法律效力， 且因為是對未來的要求， 即無信賴保護的問題。雲林地區環境空氣品質屬第三級管制區， 即將調整為較佳的第二級管制區， 表示六輕確有進行污染物排放的改善， 且有具體成果。但不能因此就不考慮未來新投資增加的排放而防止其再度惡化至超過環境空氣品質標準。六輕排放非屬少量的前述5項VOCs， 是環評委員作合理考量時不能不納入的因素。
最後，關於擔心此次爭論的環評結論中，有要求將未來VOCs排放的查核方式納入定稿，會影響六輕新投資案的設廠進度，只要台塑決定朝此方向與主管機關商定查核方式，環保署會積極予以協助。
